Udokumentowane dzieje luteranizmu w Grudziądzu sięgają roku 1524. Wtedy to, na zaproszenie starosty Jana Sokołowskiego, przejeżdżający przez miasto ze swoim orszakiem w drodze z Królewca do Preszburga (Bratysławy) pierwszy ewangelicki biskup diecezji pomezańskiej (z katedrą w Kwidzynie, rezydujący na zamku w Prabutach) Erhard von Queiss wygłosił w kościele farnym pierwsze kazanie utrzymane w nowym duchu. Odtąd Reformacja poczęła czynić tu powolne lecz stałe postępy, na co miały wpływ przemiany zachodzące krótko po pamiętnym wystąpieniu augustiańskiego mnicha Marcina Lutra przeciwko odpustom (co miało miejsce w saskiej Wittenberdze 31 października 1517 r.) również w innych miastach Prus Królewskich, z Gdańskiem, Toruniem i Elblągiem na czele, nie mówiąc już o sekularyzacji państwa zakonnego i oficjalnym wprowadzeniu zasad Reformacji w sąsiednich Prusach Książęcych w 1525 r. Około roku 1530 grudziądzka rada miejska miała zezwolić niejakiemu księdzu Andrzejowi na odprawianie nabożeństw i wygłaszanie kazań utrzymanych w duchu luterańskim oraz pozwolono mu na ożenek.” Był to jednak tylko przejściowy epizod, skoro trzy lata później usunięto z miasta czeladnika rzeźnickiego za propagowanie poglądów ewangelickich i ukarano pomagającego mu mieszczanina.
W 1540 r. zorganizowano ewangelicką szkołę, jednak rada miejska opowiedziała się otwarcie za Reformacją dopiero w latach 1552-1553. Kazania wygłaszał wtedy przebywający okresowo w Grudziądzu dr Joachim Mörlin, zapewne w szpitalnym kościele Św. Ducha. Ostatecznie, pierwszym proboszczem ewangelicko-augsburskim został w 1563 r. Eberhard Sperber (Eberhardus Nisus, 1529-1608), który za zgodą katolickiego proboszcza Macieja ze Strzep-cza (zwanego Ścierpczem), odprawiał nabożeństwa w kościele farnym św. Mikołaja. Głównym świeckim orędownikiem nowego porządku kościelnego był długoletni burmistrz (w latach 1562-1616) Krzysztof Naps, wykształcony na uniwersytecie królewieckim oraz notariusz (sekretarz miejski) Michał Kahl.
Nie bez znaczenia dla ostatecznego zakorzenienia się nowych prądów religijnych była wielka zaraza, która zdziesiątkowała ludność Grudziądza w 1564 r., a po której napłynęli w większej liczbie niemieccy osadnicy wyznania ewangelickiego. W 1569 r. tolerancyjny król Zygmunt August nadał miastu upragniony przywilej wolności wyznania i ewangelicy obok fary (gdzie współgospodarzyli z katolikami) i kościoła Św. Ducha zajęli również położoną za murami kaplicę św. Jerzego.
Wśród mieszkańców Grudziądza dominował żywioł niemiecki, byli jednak i Polacy, dla których w 1568 r. powołano osobnego diakona. Pierwszym był przez dwa lata Jan Słupca. Drugi to Paweł Blumgott (1570-1571), późniejszy kaznodzieja w Nowem i przy kaplicy św. Anny w Gdańsku. Jego następcą w 1572 r. na krótko został Maciej ze Strzepcza (zmarły w tym samym roku), który oficjalnie przyjął wyznanie ewangelickie i przekazał luteranom farę wraz z całym majątkiem parafialnym. Kolejni polscy duchowni, to Melchior Dąbrowski, pochodzący z terenu Pomezanii (1572-1588, przedtem proboszcz w Domnowie w Prusach Książęcych), Marcin Sieberdt (Sribrarius) z Torunia (1588-1603), Jan Guht (Gubi, Guth, 1603-1605), Joachim Senftenberg z Nidzicy (1605-1609), Marcin Niederich z Pasymia (1609-1619, działający później w Malborku), wreszcie Maciej Lobdau (Logdau, Lobdovius, 1619-1624). W okresie tym nasilająca się kontrakcja katolicka na mocy dekretu króla Zygmunta III Wazy zmusiła ewangelików w roku 1598 do oddania fary i kościoła Św. Ducha. Ponieważ kaplica Św. Jerzego, służąca przede wszystkim jako cmentarna, była zbyt mała, nabożeństwa przeniesiono do kaplicy zamkowej, udostępnionej przez starostę Jana Zborowskiego. Po jego śmierci w 1603 r. nabożeństwa odprawiano w Lwim Spichrzu.
W roku 1618 kaplica Św. Jerzego została zniszczona przez powódź i w zamian ponownie uzyskano nieużytkowany kościół Św. Ducha (według niektórych badaczy stało się to jeszcze w roku 1608). Ostatecznie jednak, najpóźniej w roku 1624, miejscem odprawiania nabożeństw na ponad półtora wieku została sala w ratuszu, mieszcząca się na parterze, pod siedzibą władz miejskich. Używanie dzwonów zostało zakazane przez biskupa chełmińskiego, chociaż w 1632 r. budynek uzyskał wieżę, wzniesioną przez Franciszka Holtzingera. W 1635 r. prawo ewangelików grudziądzkich do posiadania tego domu modlitwy osobiście potwierdził podczas wizyty w mieście król Władysław IV. Jeszcze w 1619 r. obok ratusza wzniesiono mały budynek ewangelickiej szkoły miejskiej.
W 1621 r. stanowisko diakona zlikwidowano, tworząc w zamian równorzędny etat drugiego proboszcza, jednak nabożeństwa polskie przetrwały prawdopodobnie do końca XVIII wieku, nawet w czasie zaboru. Z długiego szeregu drugich proboszczów należy wymienić Jana Borawskiego (Barawskiego, Zbarawskiego, 1618-1624), poetę łacińskiego, pochodzącego z Litwy, przedtem nadwornego kaznodzieję królewny Anny Wazówny w jej siedzibie w Brodnicy oraz Seweryna Stobbego, uprzednio polskiego i niemieckiego kaznodzieję w Gniewie, zmarłego w 1629 r. Kaznodzieja Seweryn Rosentreter rodem z Trumiejek koło Susza (w latach 1632-1655) brał udział w obradach słynnego ekumenicznego Colloquium Charitativum w Toruniu w 1645 r. Wielu grudziądzkich duchownych pochodziło z Mazur. Przybyszem z Litwy był grudziądzki duszpasterz w ciężkich latach szwedzkiego potopu (1656-1659), ks. Otto Matthesius (1618-1669). Urodzony w Nieświeżu, podopieczny książęcego rodu Radziwiłłów, uzyskał gruntowne wykształcenie w jezuickich szkołach wileńskich, następnie na królewieckiej Albertinie i -jak przystało na niespokojną epokę – działał w Wilnie (był też domowym nauczycielem synów wojewody nowogródzkiego Chreptowicza), w Rydze, Kopenhadze i w Królewcu (m. in. w polskiej parafii na Kamiennej Grobli – Steindamm). Dzięki materialnej pomocy zboru wileńskiego zdobył tytuł magistra na uniwersytecie w Rostocku, został pastorem w Wilnie i uszedł stamtąd w 1655 r., straciwszy cały majątek wskutek najazdu wojsk rosyjskich. W Grudziądzu trafił na równie katastrofalny okres, zakończony spustoszeniem miasta podczas oblężenia szwedzkiej załogi przez wojska polskie i przeniósł się na stanowisko archidiakona w Kwidzynie. Należy również wspomnieć przynajmniej trzech rektorów szkoły grudziądzkiej – Jana Monetę z Olecka (w latach 1692-1696), później czynnego przy kościele Św. Ducha w Gdańsku, autora popularnego podręcznika gramatyki polskiej (Enchiridion Polonicum, opublikowany w 1720 r., miał 7 wydań do roku 1798) i polskiego kancjonału gdańskiego (1723), Salomona Hermsona, autora niepublikowanego polskiego kancjonału, oraz Jakuba Schmidta, który wydał zrewidowaną wersję Biblii Gdańskiej (Halle 1726, 1745, Brzeg 1768). Przypomnijmy ponadto, że stanowisko ewangelickiego proboszcza grudziądzkiego piastował m. in. w latach 1588-1599 kontrowersyjny Benedykt Morgenstern ze Słupska, działający w obu częściach Prus, gwałtownie występujący przeciw reprezentantom innych nurtów teologicznych, zwłaszcza przeciwko braciom czeskim, przyjaciel starosty Jana Zborowskiego i opiekun szkoły. Po nim urzędował uchodźca religijny z Górnych Węgier (dzisiejszej Słowacji) a według tradycji pochodzący ze starej szlacheckiej rodziny hiszpańskiej (zapewne raczej francuskiej) Jerzy Bernard Gilbert de Spaignard (w latach 1599-1600) i jego syn Jerzy Gilbert (od roku 1610 do 1620, potem u Bożego Ciała w Gdańsku), Jan Herbinius (1677-1679), uczony, pedagog i filantrop, Jan Jakub Hoynovius – tłumacz niemieckich pieśń religijnych na język polski (wiatach 1680 – 1694, uprzednio rektor szkoły w Działdowie, potem u Św. Ducha w Gdańsku), Jan Chrystian Oloff (w latach 1732-1743, poprzednio w Słucku; syn i brat pastora, założyciel całej dynastii duchownych czynnych na Pomorzu) i wielu, wielu innych, których sylwetki byłyby godne przypomnienia dzisiejszemu społeczeństwu miasta. Z grudziądzkiego środowiska ewangelickiego pochodził ponadto Jan Stobbe (Stobaeus, zwany też Stobeuszem, 1580-1646), wybitny muzyk i kompozytor, związany z Królewcem, gdzie był kantorem katedralnym i kapelmistrzem dworskiej orkiestry elektora Jerzego Wilhelma. Wymienić należy również poetkę – amatorkę Barbarę Elżbietę Bohr z domu Sass, żonę rajcy Fryderyka Bohra, znaną z układania niemieckich pieśni religijnych i tłumaczenia kilkunastu pieśni z języka niemieckiego na polski, które zebrała do użytku domowego i wydała drukiem w oficynie Jana Zachariasza Stollego w Gdańsku w 1719 r. Stosunki ze wspieranymi przez możnowładców i szlachtę katolikami, dominującymi w okolicach miasta, a którzy obok odzyskanych świątyń w ciągu XVII-XVIII w. wznieśli nowe, klasztorne jezuitów wraz z kolegium i reformatów, zaś przy kościele Św. Ducha osadzili benedyktynki, nie były łatwe. Nawet odprawianie nabożeństw w ratuszu nie odbywało się bez trudności. W 1647 r. proboszcz katolicki ks. Jan Potrykowski (vel Pietrykowski) wymógł na radzie miejskiej pokrycie kosztów remontu fary. Ponadto domagał się obchodzenia katolickich świąt, wysokiej opłaty za ewangelickie chrzty i pogrzeby, wreszcie uzyskał nawet prawo kontroli kazań. Ewangelicy w sprawach duchownych mieli podlegać sądowi biskupa chełmińskiego. Postanowienia „umowy” odwołał po roku król Jan Kazimierz dzięki staraniom miasta, popartym odpowiednią kwotą pieniężną (co zresztą w owych czasach było powszechnie przyjętym zwyczajem). W zamian, rada ufundowała bramę na cmentarzu przy kościele św. Mikołaja, zaś rzemieślnicy – świecznik w tym kościele. Spory o majątek parafialny, szpital itp. trwały jednak dalej. Z kolei podczas okupacji szwedzkiej w latach 1656-1659 farę porzuconą przez proboszcza zajęli ewangelicy, zaś duchowieństwo katolickie zmuszono do opuszczenia Grudziądza.
Podczas zdobywania miasta przez Polaków w 1659 r. spłonął ratusz i zabrakło miejsca na odprawianie nabożeństw. Jednak już w roku następnym zakończyła się odbudowa sali modlitwy, która otrzymała szereg bogatych darów (remont właściwego ratusza trwał znacznie dłużej). Na odbudowę pozwolił m.in. hojny zapis w testamencie burmistrza Tomasza Rintze-Rybickiego, burmistrza Macieja Pauli i innych osób. Na godne wyposażenie wnętrza złożyły się dary całego zboru: aptekarz Jan Hartmann ufundował ozdobny konfesjonał, kaznodzieja Krzysztof Schulz ambonę, jego małżonka emporę dla uczniów, Regina Albert duży obraz przedstawiający Sąd Ostateczny, Katarzyna Lüdtke świecznik wiszący, Anna Teichmann, Elżbieta Nass oraz Hans i Anna Biesenbruchowie ofiarowali naczynia liturgiczne itp. Nie zabrakło haftowanych złotem i srebrem nakryć ołtarzowych. Dary pieniężne złożyły rady miejskie Torunia i Gdańska. Wśród donatorów występują także nazwiska polskie (co zresztą nie przesądza o narodowości): mistrz piernikarski Henryk Cujawa ufundował wielki krucyfiks, do którego towarzyszącą figurę Marii ufundowały niewiasty, zaś rzeźbę św. Jana – czeladnicy; Andrzej Nałęcz podarował srebrny świecznik. Ołtarz był dziełem snycerza Andrzeja Rosińskiego. Niestety, chyba nic z tego nie zachowało się do naszych czasów. Dalsze dary miały miejsce w ciągu XVIII stulecia, w postaci sprzętów kościelnych i naczyń liturgicznych, różnych sum pieniężnych i parcel budowlanych. Istniała parafialna biblioteka, do której wiele dzieł teologicznych ofiarował burmistrz Krzysztof Bythner (vel Biitttner). Od XVIII w. dysponowano domem parafialnym przy ul. Pańskiej, następnie na Długiej 1.
Trudności ze strony katolickiej nie ustawały, mimo odnowienia przez króla Jana Kazimierza w 1660 r. przywileju wolności wyznania. M.in. dwukrotnie (1661, 1682) oskarżano duchownych ewangelickich o bluźnierstwo, w tym drugim przypadku zarzutem było również wygłaszanie kazań w języku polskim, uważając je za niebezpieczny instrument oddziaływania na szersze warstwy społeczne (jednocześnie obok polskich, głoszono kazania niemieckie dla katolików w kościele farnym). Za każdym razem odwoływano się do króla, który wyroki oddalał. W roku 1720 katolicki proboszcz zmusił ewangelików do oddania części piszczałek z organów, które rzekomo miały zakłócać nabożeństwa w farze. Takie nieprzyjazne stosunki między wyznaniami na terenie Prus Królewskich nie były wyjątkiem, o czym świadczyć mogą tak jaskrawe przypadki, jak banicja protestantów z biskupiego Chełmna (1580), szykany narzucane społeczności Brodnicy po zgonie tamtejszej starościny królewny Anny Wazówny w 1625 r. i nękanie ewangelickiej ludności Nowego Miasta Lubawskiego przez plebana Jana Ewertowskiego (1689-1740). Prawdę mówiąc, również i druga strona, w rządzonym przez protestantów Gdańsku czy Toruniu, również bywała daleka od tolerancji wobec katolików i innych mniejszości wyznaniowych. Dopiero po 1767 r. i to pod naciskiem państw ościennych polscy protestanci uzyskali w swym kraju prawo do wolności religijnej, co zresztą stało się jednym z powodów zawiązania konfederacji barskiej i pustoszącej kraj kilkuletniej walki zbrojnej.
W 1540 r. zorganizowano ewangelicką szkołę, jednak rada miejska opowiedziała się otwarcie za Reformacją dopiero w latach 1552-1553. Kazania wygłaszał wtedy przebywający okresowo w Grudziądzu dr Joachim Mörlin, zapewne w szpitalnym kościele Św. Ducha. Ostatecznie, pierwszym proboszczem ewangelicko-augsburskim został w 1563 r. Eberhard Sperber (Eberhardus Nisus, 1529-1608), który za zgodą katolickiego proboszcza Macieja ze Strzep-cza (zwanego Ścierpczem), odprawiał nabożeństwa w kościele farnym św. Mikołaja. Głównym świeckim orędownikiem nowego porządku kościelnego był długoletni burmistrz (w latach 1562-1616) Krzysztof Naps, wykształcony na uniwersytecie królewieckim oraz notariusz (sekretarz miejski) Michał Kahl.
Nie bez znaczenia dla ostatecznego zakorzenienia się nowych prądów religijnych była wielka zaraza, która zdziesiątkowała ludność Grudziądza w 1564 r., a po której napłynęli w większej liczbie niemieccy osadnicy wyznania ewangelickiego. W 1569 r. tolerancyjny król Zygmunt August nadał miastu upragniony przywilej wolności wyznania i ewangelicy obok fary (gdzie współgospodarzyli z katolikami) i kościoła Św. Ducha zajęli również położoną za murami kaplicę św. Jerzego.
Wśród mieszkańców Grudziądza dominował żywioł niemiecki, byli jednak i Polacy, dla których w 1568 r. powołano osobnego diakona. Pierwszym był przez dwa lata Jan Słupca. Drugi to Paweł Blumgott (1570-1571), późniejszy kaznodzieja w Nowem i przy kaplicy św. Anny w Gdańsku. Jego następcą w 1572 r. na krótko został Maciej ze Strzepcza (zmarły w tym samym roku), który oficjalnie przyjął wyznanie ewangelickie i przekazał luteranom farę wraz z całym majątkiem parafialnym. Kolejni polscy duchowni, to Melchior Dąbrowski, pochodzący z terenu Pomezanii (1572-1588, przedtem proboszcz w Domnowie w Prusach Książęcych), Marcin Sieberdt (Sribrarius) z Torunia (1588-1603), Jan Guht (Gubi, Guth, 1603-1605), Joachim Senftenberg z Nidzicy (1605-1609), Marcin Niederich z Pasymia (1609-1619, działający później w Malborku), wreszcie Maciej Lobdau (Logdau, Lobdovius, 1619-1624). W okresie tym nasilająca się kontrakcja katolicka na mocy dekretu króla Zygmunta III Wazy zmusiła ewangelików w roku 1598 do oddania fary i kościoła Św. Ducha. Ponieważ kaplica Św. Jerzego, służąca przede wszystkim jako cmentarna, była zbyt mała, nabożeństwa przeniesiono do kaplicy zamkowej, udostępnionej przez starostę Jana Zborowskiego. Po jego śmierci w 1603 r. nabożeństwa odprawiano w Lwim Spichrzu.
W roku 1618 kaplica Św. Jerzego została zniszczona przez powódź i w zamian ponownie uzyskano nieużytkowany kościół Św. Ducha (według niektórych badaczy stało się to jeszcze w roku 1608). Ostatecznie jednak, najpóźniej w roku 1624, miejscem odprawiania nabożeństw na ponad półtora wieku została sala w ratuszu, mieszcząca się na parterze, pod siedzibą władz miejskich. Używanie dzwonów zostało zakazane przez biskupa chełmińskiego, chociaż w 1632 r. budynek uzyskał wieżę, wzniesioną przez Franciszka Holtzingera. W 1635 r. prawo ewangelików grudziądzkich do posiadania tego domu modlitwy osobiście potwierdził podczas wizyty w mieście król Władysław IV. Jeszcze w 1619 r. obok ratusza wzniesiono mały budynek ewangelickiej szkoły miejskiej.
W 1621 r. stanowisko diakona zlikwidowano, tworząc w zamian równorzędny etat drugiego proboszcza, jednak nabożeństwa polskie przetrwały prawdopodobnie do końca XVIII wieku, nawet w czasie zaboru. Z długiego szeregu drugich proboszczów należy wymienić Jana Borawskiego (Barawskiego, Zbarawskiego, 1618-1624), poetę łacińskiego, pochodzącego z Litwy, przedtem nadwornego kaznodzieję królewny Anny Wazówny w jej siedzibie w Brodnicy oraz Seweryna Stobbego, uprzednio polskiego i niemieckiego kaznodzieję w Gniewie, zmarłego w 1629 r. Kaznodzieja Seweryn Rosentreter rodem z Trumiejek koło Susza (w latach 1632-1655) brał udział w obradach słynnego ekumenicznego Colloquium Charitativum w Toruniu w 1645 r. Wielu grudziądzkich duchownych pochodziło z Mazur. Przybyszem z Litwy był grudziądzki duszpasterz w ciężkich latach szwedzkiego potopu (1656-1659), ks. Otto Matthesius (1618-1669). Urodzony w Nieświeżu, podopieczny książęcego rodu Radziwiłłów, uzyskał gruntowne wykształcenie w jezuickich szkołach wileńskich, następnie na królewieckiej Albertinie i -jak przystało na niespokojną epokę – działał w Wilnie (był też domowym nauczycielem synów wojewody nowogródzkiego Chreptowicza), w Rydze, Kopenhadze i w Królewcu (m. in. w polskiej parafii na Kamiennej Grobli – Steindamm). Dzięki materialnej pomocy zboru wileńskiego zdobył tytuł magistra na uniwersytecie w Rostocku, został pastorem w Wilnie i uszedł stamtąd w 1655 r., straciwszy cały majątek wskutek najazdu wojsk rosyjskich. W Grudziądzu trafił na równie katastrofalny okres, zakończony spustoszeniem miasta podczas oblężenia szwedzkiej załogi przez wojska polskie i przeniósł się na stanowisko archidiakona w Kwidzynie. Należy również wspomnieć przynajmniej trzech rektorów szkoły grudziądzkiej – Jana Monetę z Olecka (w latach 1692-1696), później czynnego przy kościele Św. Ducha w Gdańsku, autora popularnego podręcznika gramatyki polskiej (Enchiridion Polonicum, opublikowany w 1720 r., miał 7 wydań do roku 1798) i polskiego kancjonału gdańskiego (1723), Salomona Hermsona, autora niepublikowanego polskiego kancjonału, oraz Jakuba Schmidta, który wydał zrewidowaną wersję Biblii Gdańskiej (Halle 1726, 1745, Brzeg 1768). Przypomnijmy ponadto, że stanowisko ewangelickiego proboszcza grudziądzkiego piastował m. in. w latach 1588-1599 kontrowersyjny Benedykt Morgenstern ze Słupska, działający w obu częściach Prus, gwałtownie występujący przeciw reprezentantom innych nurtów teologicznych, zwłaszcza przeciwko braciom czeskim, przyjaciel starosty Jana Zborowskiego i opiekun szkoły. Po nim urzędował uchodźca religijny z Górnych Węgier (dzisiejszej Słowacji) a według tradycji pochodzący ze starej szlacheckiej rodziny hiszpańskiej (zapewne raczej francuskiej) Jerzy Bernard Gilbert de Spaignard (w latach 1599-1600) i jego syn Jerzy Gilbert (od roku 1610 do 1620, potem u Bożego Ciała w Gdańsku), Jan Herbinius (1677-1679), uczony, pedagog i filantrop, Jan Jakub Hoynovius – tłumacz niemieckich pieśń religijnych na język polski (wiatach 1680 – 1694, uprzednio rektor szkoły w Działdowie, potem u Św. Ducha w Gdańsku), Jan Chrystian Oloff (w latach 1732-1743, poprzednio w Słucku; syn i brat pastora, założyciel całej dynastii duchownych czynnych na Pomorzu) i wielu, wielu innych, których sylwetki byłyby godne przypomnienia dzisiejszemu społeczeństwu miasta. Z grudziądzkiego środowiska ewangelickiego pochodził ponadto Jan Stobbe (Stobaeus, zwany też Stobeuszem, 1580-1646), wybitny muzyk i kompozytor, związany z Królewcem, gdzie był kantorem katedralnym i kapelmistrzem dworskiej orkiestry elektora Jerzego Wilhelma. Wymienić należy również poetkę – amatorkę Barbarę Elżbietę Bohr z domu Sass, żonę rajcy Fryderyka Bohra, znaną z układania niemieckich pieśni religijnych i tłumaczenia kilkunastu pieśni z języka niemieckiego na polski, które zebrała do użytku domowego i wydała drukiem w oficynie Jana Zachariasza Stollego w Gdańsku w 1719 r. Stosunki ze wspieranymi przez możnowładców i szlachtę katolikami, dominującymi w okolicach miasta, a którzy obok odzyskanych świątyń w ciągu XVII-XVIII w. wznieśli nowe, klasztorne jezuitów wraz z kolegium i reformatów, zaś przy kościele Św. Ducha osadzili benedyktynki, nie były łatwe. Nawet odprawianie nabożeństw w ratuszu nie odbywało się bez trudności. W 1647 r. proboszcz katolicki ks. Jan Potrykowski (vel Pietrykowski) wymógł na radzie miejskiej pokrycie kosztów remontu fary. Ponadto domagał się obchodzenia katolickich świąt, wysokiej opłaty za ewangelickie chrzty i pogrzeby, wreszcie uzyskał nawet prawo kontroli kazań. Ewangelicy w sprawach duchownych mieli podlegać sądowi biskupa chełmińskiego. Postanowienia „umowy” odwołał po roku król Jan Kazimierz dzięki staraniom miasta, popartym odpowiednią kwotą pieniężną (co zresztą w owych czasach było powszechnie przyjętym zwyczajem). W zamian, rada ufundowała bramę na cmentarzu przy kościele św. Mikołaja, zaś rzemieślnicy – świecznik w tym kościele. Spory o majątek parafialny, szpital itp. trwały jednak dalej. Z kolei podczas okupacji szwedzkiej w latach 1656-1659 farę porzuconą przez proboszcza zajęli ewangelicy, zaś duchowieństwo katolickie zmuszono do opuszczenia Grudziądza.
Podczas zdobywania miasta przez Polaków w 1659 r. spłonął ratusz i zabrakło miejsca na odprawianie nabożeństw. Jednak już w roku następnym zakończyła się odbudowa sali modlitwy, która otrzymała szereg bogatych darów (remont właściwego ratusza trwał znacznie dłużej). Na odbudowę pozwolił m.in. hojny zapis w testamencie burmistrza Tomasza Rintze-Rybickiego, burmistrza Macieja Pauli i innych osób. Na godne wyposażenie wnętrza złożyły się dary całego zboru: aptekarz Jan Hartmann ufundował ozdobny konfesjonał, kaznodzieja Krzysztof Schulz ambonę, jego małżonka emporę dla uczniów, Regina Albert duży obraz przedstawiający Sąd Ostateczny, Katarzyna Lüdtke świecznik wiszący, Anna Teichmann, Elżbieta Nass oraz Hans i Anna Biesenbruchowie ofiarowali naczynia liturgiczne itp. Nie zabrakło haftowanych złotem i srebrem nakryć ołtarzowych. Dary pieniężne złożyły rady miejskie Torunia i Gdańska. Wśród donatorów występują także nazwiska polskie (co zresztą nie przesądza o narodowości): mistrz piernikarski Henryk Cujawa ufundował wielki krucyfiks, do którego towarzyszącą figurę Marii ufundowały niewiasty, zaś rzeźbę św. Jana – czeladnicy; Andrzej Nałęcz podarował srebrny świecznik. Ołtarz był dziełem snycerza Andrzeja Rosińskiego. Niestety, chyba nic z tego nie zachowało się do naszych czasów. Dalsze dary miały miejsce w ciągu XVIII stulecia, w postaci sprzętów kościelnych i naczyń liturgicznych, różnych sum pieniężnych i parcel budowlanych. Istniała parafialna biblioteka, do której wiele dzieł teologicznych ofiarował burmistrz Krzysztof Bythner (vel Biitttner). Od XVIII w. dysponowano domem parafialnym przy ul. Pańskiej, następnie na Długiej 1.
Trudności ze strony katolickiej nie ustawały, mimo odnowienia przez króla Jana Kazimierza w 1660 r. przywileju wolności wyznania. M.in. dwukrotnie (1661, 1682) oskarżano duchownych ewangelickich o bluźnierstwo, w tym drugim przypadku zarzutem było również wygłaszanie kazań w języku polskim, uważając je za niebezpieczny instrument oddziaływania na szersze warstwy społeczne (jednocześnie obok polskich, głoszono kazania niemieckie dla katolików w kościele farnym). Za każdym razem odwoływano się do króla, który wyroki oddalał. W roku 1720 katolicki proboszcz zmusił ewangelików do oddania części piszczałek z organów, które rzekomo miały zakłócać nabożeństwa w farze. Takie nieprzyjazne stosunki między wyznaniami na terenie Prus Królewskich nie były wyjątkiem, o czym świadczyć mogą tak jaskrawe przypadki, jak banicja protestantów z biskupiego Chełmna (1580), szykany narzucane społeczności Brodnicy po zgonie tamtejszej starościny królewny Anny Wazówny w 1625 r. i nękanie ewangelickiej ludności Nowego Miasta Lubawskiego przez plebana Jana Ewertowskiego (1689-1740). Prawdę mówiąc, również i druga strona, w rządzonym przez protestantów Gdańsku czy Toruniu, również bywała daleka od tolerancji wobec katolików i innych mniejszości wyznaniowych. Dopiero po 1767 r. i to pod naciskiem państw ościennych polscy protestanci uzyskali w swym kraju prawo do wolności religijnej, co zresztą stało się jednym z powodów zawiązania konfederacji barskiej i pustoszącej kraj kilkuletniej walki zbrojnej.
(autor: Jerzy Domasłowski)